Od roku 1995 působí v muzeu lichenolog Josef P. Halda. Jeho hlavními oblastmi zájmu je floristický průzkum Sudet, taxonomie mikrolišejníků řádu Verucariales a fotografování lišejníků. Stará se také o mineralogickou sbírku muzea. Pro muzejní herbář zatím nasbíral 2500 položek lišejníků.

Pro veřejnost vytvořil v roce 1996 naučnou putovní výstavu lišejníků s názvem "Tajemný svět lišejníků", kterou tvoří komentované velkoformátové (A3) makrofotografie lišejníků, 25 keramických modelů lišejníků a trojrozměrné ukázky lišejníků z přírody. Výstava dosud obrazila přibližně 30 různých muzeí.

Rediguje a graficky pro tisk připravuje oba muzejní časopisy Acta musei richnoviensis, sect. natur. a Orlické hory a Podorlicko, vytvořil a aktualizuje muzejní webové stránky.

Guzow-Krzemińska B., Halda J. P. & Czarnota P. (2012): A new Agonimia from Europe with a flabelliform thallus. - Lichenologist, 44(1): 55–66.

Halda J. P. & Uhlík P. (2011): Lišejníky rudných hald na Tisovci u Kraslic (Lichens of Metal Mine Spoil Heaps on Tisovec Hill near Kraslice). - Příroda Kraslicka, 3: 37-50.

Halda J., Hauer T., Kociánová M., Mühlsteinová R., Řeháková K. & Šťastná P. (2011): Biodiverzita cévnatých rostlin, lišejníků, sinic a řas na skalách s ledopády v Labském dole. - Opera Corcontica, 48: 45–68.

Halda J.P., Bouda F., Fessová A., Kocourková J., Malíček J., Müller A., Peksa O., Svoboda D., Šoun J. & Vondrák J. (2011): Lichens recorded during the autumnal bryo-lichenological meeting in Železné hory Mts (Czech Republic), September 2009 [Lišejníky zaznamenané během podzimního bryologicko-lichenologického setkání v CHKO Železné hory v září 2009]. - Bryonora, 47: 40-51.

Šťastná P. (2011): Výzkum ve výškách. - Krkonoše, Jizerské hory, 8/2011.

Halda J., Kocourková J., Březina S., Šťastná P. & Ševců A. (2010): Lišejníky v alpínském pásmu Krkonoš (inventarizační průzkum a vegetační monitoring v rámci mezinárodního projektu GLORIA). [Lichens of the alpine belt in the Krkonoše Mts (floristical survey and vegetation monitoring within the scope of an international project GLORIA)]. - Opera Corcontica, 47: 165–186.

Hradílek Z. & Halda J.P. (2010): Mechorosty a lišejníky Národní přírodní rezervace Hůrka u Hranic. [Bryophytes and Lichens of the Hůrka National Nature Reserve near the town of Hranice (Central Moravia, Czech Republic)]. - Acta Mus. Richnoviensis (Sect. natur.), 17(2): 29–56.

Lukešová A., Kociánová M., Váňa J., Štursová H., Elster J., Harčarik J., Halda J., Kocourková J. & Jankovská V. (2010): Vyvařované půdy tundry Krkonoš a Abisko Mts – předběžná srovnávací studie. - Opera Corcontica, 47: 55–82.

Vondrák J., Halda J.P., Malíček J. & Müller A. (2010): Lišejníky zaznamenané během jarního bryologicko-lichenologického setkání ve Chřibech v dubnu 2010 [Lichens recorded during the spring bryo-lichenological meeting in Chřiby Mts (Czech Republic), April]. - Bryonora, 45: 36-42.

Halda J.P. (2009): Lichens of the Břidličná Nature Reserve and the Zadní hutisko Nature Monument in the Hrubý Jeseník Mts. (Czech Republic) (Lišejníky Přírodní rezervace Břidličná a Přírodní památky Zadní hutisko v Hrubém Jeseníku). - Acta Mus. Richnov. (Sect. natur.), 16(3): 57-80.

Halda J.P. & Palice Z. (2009): Zajímavé nálezy tří sladkovodních druhů lišejníků ze Zemské brány (Noteworthy records of three freshwater lichen species from nature reserve Zemská brána). - Orlické hory a Podorlicko, 16: 283–289.

Halda J. P. (2008): Seznam lišejníků české strany Králického Sněžníku – Checklist of Lichens of the Králický Sněžník Mts. (Czech Side). - Acta musei richnoviensis, sect. Natur., 15(2): 43-84.

Halda J. P. (2008): Historie lichenologického bádání v Orlických horách a na Králickém Sněžníku. - Orlické hory a Podorlicko, 15: 141–164.

Kukwa M., Schiefelbein U., Czarnota P., Halda J., Kubiak D., Palice Z. & Naczk A. (2008): Notes on some noteworthy lichens and allied fungi found in the Białowieża Primeval Forest in Poland. - Bryonora, 41: 1-11.

Malíček J., Palice Z., Bouda F., Czarnota P., Halda J. P., Liška J., Müller A., Peksa O., Svoboda D., Syrovátková L., Vondrák J. & Wagner B. (2008): Lišejníky zaznamenané během 15. jarního setkání Bryologicko-lichenologické sekce ČBS na Sedlčansku. - Lichens recorded during 15th Spring Meeting of the Bryological and Lichenological Section CBS in the Sedlčany region. - Bryonora, 42: 17-30.

Svoboda D., Bouda F., Halda J. P., Kukwa M., Liška J., Malíček J., Müller A., Palice Z., Peksa O., Szymczyk R. & Schiefelbein U. (2008): Lišejníky zaznamenané během 14. jarního setkání Bryologicko-lichenologické sekce ČBS na exkurzích na vyškovsku na Moravě. - Bryonora, 41: 12-20.

Zmrhalová M. & Halda J. P. (2008): Bryoflóra a lichenoflóra české strany Králického Sněžníku – úvod. - Acta musei richnoviensis, sect. Natur., 15(1): 1-5.

Halda J. P. & Vězda A. (2007): A list of new taxa of lichens and lichenicolous fungi published by Antonín Vězda 1958−2007 by himself or together with co−auctors (Seznam taxonů lišejníků a lichenikolních hub, publikovaných A. Vězdou a spoluautory v letech 1958−2007). - Acta Mus. Richnov. (Sect. natur.), 14(3): 69-92.

Peksa O., Bouda F., Halda J. P., Kocourková J., Liška J., Malíček J., Müller A., Palice Z., Slavíková-Bayerová Š., Svoboda D. & Vondrák J. (2007): Lišejníky zaznamenané během 19. podzimních bryologicko-lichenologických dnů na Kokořínsku. - Bryonora, 39: 12-20.

Svoboda D., Czarnota P., Bouda F., Halda J. P., Liška J., Kukwa M., Müller A., Palice Z., Peksa O., Šoun J., Zelinková J. & Vondrák J. (2007): Lišejníky zaznamenané během 13. jarního setkání Bryologicko-lichenologické sekce ČBS na exkurzích v Bílých Karpatech a dalších lokalitách na JV Moravě. - Bryonora, 39: 39-49.

Czarnota P., Guttová A., Halda J. P., Kukwa M., Liška J., Palice Z., Peksa O., Svoboda D. & Vondrák J. (2006): Lišajníky zaznamenané počas 13. jarného stretnutia bryologickolichenologickej sekcie čbs na exkurzii v Tematínskych vrchoch (Považský Inovec, Slovensko). - Bryonora, 38: 26-39.

Halda J.P. (2006): Interesting lichen records from Králický Sněžník Mts. (Glatzer Schneeberg, Czech Republic). - In: Lackovičová A., Guttová A., Lisická E. & Lizoň P. (eds.), Central European lichens – diversity and threat, p. 315–323, Mycotaxon Ltd., Ithaca.

Palice Z., Guttová A. & Halda J.P. (2006): Lichens new for Slovakia collected in the National Park Muránska planina (W Carpathians). - In: Lackovičová A., Guttová A., Lisická E. & Lizoň P. (eds.), Central European lichens – diversity and threat, p. 179–192, Mycotaxon Ltd., Ithaca.

Šoun J., Halda J., Kocourková J., Liška J., Palice Z., Peksa O., Slavíková-Bayerová Š., Svoboda D., Uhlík P. & Vondrák J. (2006): Lišejníky zaznamenané během 16. bryologicko-lichenologických dnů v Kameničkách (CHKO Žďárské vrchy, 2.-5.10.2003). - Bryonora, 38: 39-47.

Vondrák J., Halda J., Malíček J., Müller A. & Uhlík P. (2006): Lišejníky zaznamenané během 18. bryologicko-lichenologických dnů v Moravskoslezských Beskydech (22.-25.9.2005). - Bryonora, 37: 19-23.

Halda J. (2005): Zajímavé lokality lišejníků v oblasti Orlického Záhoří. - Panorama, 13: 157-158.

Halda J.P., Palice Z. & Peksa O. (2005): Tři pozoruhodné nálezy lišejníků z podhůří Orlických hor. - Orlické hory a Podorlicko, 13: 317-319.

Palice Z. & Halda J. (2005): Neviditelný svět mikrolišejníků. - Živa, 2005/2: 58-59.

Bayerová Š., Halda J., Liška J. & Uhlík P. (2004): Rhizocarpon ridescens a Verrucaria ochrostoma - dva nové druhy lišejníků pro Českou republiku. - Bryonora, 33:26-27.

Bayerová Š., Halda J., Liška J. & Uhlík P. (2004): Příspěvek k poznání lichenoflóry Krušných hor. - Bryonora, 33:28-35.

Czeika H., Czeika G., Guttová A., Farkas E., Lőkös L. & Halda J. (2004): Phytogeographical and taxonomic remarks on eleven species of cyanophilic lichens from Central Europe. - Preslia, 76(2): 183-192.

Halda J. (2003): A taxonomic study of the calcicolous endolitic species of the genus Verrucaria (Ascomycotina, Verrucariales) with the lid-like and radiately opening involucrellum. - Acta Mus. Richnov. (Sect. natur.), 10(1): 1-148.

Palice Z., Czarnota P., Kukwa M., Kocourková J., Berger F., Guttová A., Halda J., Peksa O., Uhlík P., Svoboda D. (2003): Lišejníky zaznamenané během 9. Jarního setkání Bryologicko-lichenologické sekce v Hajnici. - Bryonora, 32: 7-17.

Soldán Z., Peksa O., Halda J., Loskotová E., Marková I. & Palice Z. (2003): Mechorosty a lišejníky zaznamenané během XV. Bryologicko-lichenologických dnů ve Velemíně (České středohoří). - Bryonora, 32: 3-7.

Printzen C., Halda J., Palice Z. & Tønsberg T. (2002): New and interesting lichen record from old-growth forest stands in the German National Park Bayerischer Wald. - Nova Hedwigia, 74(1-2): 25-49.

Halda J. (2001): Příspěvek k poznání lichenoflóry v údolích Metuje a Olešenky. - Acta Mus. Richnov. (Sect. natur.), 8(1): 1-30.

Halda J. (1999): Příspěvek k poznání lichenoflóry Orlických hor 2. - Acta Mus. Richnov. (Sect. natur.), 6(1): 1-32.

Palice Z., Bayerová Š. & Halda J. (1999): Lišejníky zaznamenané během kryptogamologické exkurze katedry botaniky PřF UK v národním parku Slovenský Raj. - Bryonora, 24: 11-22.

Dětinský R., Bajerová Š. & Halda J. (1998): Několik zajímavých nálezů lišejníků z Poľany (střední Slovensko). - Bryonora, 21: 8-10.

Halda J. (1998): Lichenologicko-botanický průzkum navrhované PR Hlodný. - Orchis, 17(1): 1-5.

Halda J. (1998): Lišejníky Orlických hor. - Živa, 46(1): 14-15.

Halda J. (1997): Příspěvek k poznání lichenoflóry Orlických hor. - Acta Mus. Richnov. (Sect. natur.), 4(1): 1-24.